税理士・公認会計士 武者 聡 
補助金の受給額には、原則として消費税がかかりません。ただし、「補助金が消費税の課税対象外であること」と「補助対象経費に含まれる消費税等のうち、補助金で賄われた部分を返還すること」は別の問題です。
補助対象経費に含まれる消費税を仕入税額控除した場合、交付要綱に基づき、補助金に係る消費税等仕入控除税額の報告や返還が必要になることがあります。返還額が0円でも報告書を提出しなければならない制度があるため、返還と報告を分けて確認しなければなりません。
この記事では、補助金の消費税区分、返還が生じる仕組み、返還の有無を判断する条件、計算方法、申請から報告までの流れを解説します。
※返還条件や報告期限は補助金ごとに異なるため、対象制度の最新の交付要綱や公募要領をご確認ください。
補助金の受給額には原則として消費税がかからない
国や地方公共団体から一般的な補助金・助成金を受け取っても、その受給額自体に消費税はかかりません。商品を販売した代金やサービスを提供した報酬とは異なり、通常は対価を得て行う取引ではないためです。
補助金が消費税の課税対象外となる理由
消費税が課税されるのは、原則として、国内で事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡、貸付け、サービスの提供などです。
国税庁は、国や地方公共団体から交付される一般的な補助金・助成金について、対価を得て行う取引ではないため、消費税の課税対象にならないと説明しています。
税務上は、このような取引を一般的に「不課税取引」といいます。土地の譲渡や社会保険医療など、消費税の課税対象には該当するものの、法律により消費税を課さない「非課税取引」とは区別されます。
| 区分 | 概要 | 主な例 |
|---|---|---|
| 不課税取引 | そもそも消費税の課税対象に該当しない | 一般的な補助金、寄附金、単なる贈与 |
| 非課税取引 | 課税対象には該当するが、法律により消費税を課さない | 土地、有価証券、社会保険医療など |
補助金について「非課税」と表現されることもありますが、より正確には、一般的な補助金は消費税の「不課税取引」または「課税対象外」と整理します。
ただし、名称が「補助金」であっても、実質的に商品やサービスの提供に対する対価である場合は、課税関係が変わることがあります。名称だけでなく、交付の目的や条件も確認する必要があります。
所得税・法人税の取扱いは消費税と別に考える
補助金が消費税の課税対象外だからといって、所得税や法人税もかからないとは限りません。
事業に関連して受け取る補助金は、受給者や補助金の目的などに応じて、所得税の収入や法人税の益金として取り扱われることがあります。一方、法律に基づく非課税措置や、固定資産の取得に対する国庫補助金等について、総収入金額不算入や圧縮記帳を適用できる場合もあります。
消費税、所得税、法人税は、それぞれ異なるルールで判定します。「補助金だからすべて非課税」とまとめて判断しないことが大切です。
課税対象外でも仕入控除税額の返還が生じる理由
補助金の受給額に消費税がかからなくても、補助対象経費に含まれる消費税を仕入税額控除した場合は、その控除額に対応する補助金の返還を求められることがあります。
仕入税額控除とは
消費税の課税事業者は、原則として、売上時に受け取った消費税額から、仕入れや経費の支払い時に負担した消費税額を控除して納付税額を計算します。この仕組みが仕入税額控除です。
例えば、課税売上げにかかる消費税額が100万円、仕入れや経費にかかる控除可能な消費税額が30万円なら、基本的な納付税額は次のようになります。
100万円－30万円＝70万円
補助対象となった設備などの購入費に含まれる消費税も、要件を満たせば仕入税額控除の対象になります。
ところが、設備の消費税相当額を含めて補助金を受け取り、その消費税額を確定申告でも控除すると、消費税相当額について補助と控除が重なることになります。
この重複を調整するため、交付要綱に基づいて、補助対象経費に含まれる消費税等のうち補助金で賄われた部分を返還する仕組みが設けられています。
返還するのは消費税ではなく補助金の一部
ここでいう「消費税の返還」は、補助金の受給額に消費税が課税され、税務署へ追加納税するという意味ではありません。
実際には、仕入税額控除によって事業者が負担しなかった消費税相当額について、交付元へ補助金の一部を返還します。そのため、返還先は通常、税務署ではなく、補助金を交付した国、自治体、労働局、補助金事務局などです。
一般的な流れは、次のとおりです。
- 補助対象経費を支払う
- 補助金を受け取る
- 消費税の確定申告で対象経費の消費税を仕入税額控除する
- 控除額に対応する補助金を交付元へ報告する
- 交付元から届く納付書などにより返還する
返還方法は制度によって異なります。自分で金額を計算してすぐに振り込むのではなく、交付元の案内に従ってください。
消費税分の返還が必要か判断する確認項目
返還の有無は、「課税事業者だから返還」「免税事業者だから何もしなくてよい」と、一つの条件だけで判断できません。
次の資料と事実を順番に確認します。
| 確認するもの | 主な確認内容 |
|---|---|
| 公募要領・交付要綱 | 消費税が補助対象か、仕入控除税額の報告義務があるか |
| 交付決定通知書・額の確定通知書 | 確定した補助金額、対象年度 |
| 実績報告書 | 消費税を含めて報告したか、申告前に減額したか |
| 消費税確定申告書・付表 | 課税区分、申告方式、課税売上割合、仕入控除税額 |
| 請求書・領収書 | 対象経費の税率、消費税額、インボイスの有無 |
| 交付元の報告書様式 | 返還額0円の場合を含む報告方法、期限、添付書類 |
補助対象経費に消費税が含まれているか
最初に、公募要領や交付要綱で、消費税が補助対象経費に含まれるかを確認します。
補助制度によっては、課税事業者に対して、申請時または実績報告時に消費税相当額を補助対象経費から除外するよう求めています。この方法で消費税相当額をあらかじめ除外していれば、原則として、後から返還する重複部分は生じません。
一方、申請時点では仕入控除税額が確定しておらず、消費税を含めた金額で補助金が確定する場合もあります。この場合は、消費税の確定申告後に報告・返還が必要になることがあります。
判断するときは、次の記載を探してください。
- 補助対象経費は税抜金額とする
- 消費税及び地方消費税は補助対象外とする
- 仕入控除税額を減額して申請する
- 仕入控除税額が確定した場合は報告する
- 返還額が0円の場合も報告する
課税事業者・免税事業者と申告方式を確認する
次に、**補助対象となった課税仕入れを行った日の属する課税期間について、実際に適用した消費税の申告方式を確認します。**交付元が確認対象となる申告期間を指定している場合は、その案内に従います。
| 消費税の状況 | 返還に関する一般的な考え方 |
|---|---|
| 免税事業者・申告義務がない | 仕入税額控除を行わないため、返還額0円とされる例がある |
| 一般課税 | 実際に控除した仕入税額に応じて返還が生じることがある |
| 簡易課税 | 実際の仕入額を基礎に控除額を計算しないため、返還額0円とする制度例がある |
| その他の特例を適用 | 適用した制度と交付元の計算要領に基づいて判断する |
| 公益法人等 | 特定収入割合などによって計算が変わることがある |
これは一般的な整理です。最終的な返還額は、対象となる補助金の交付要綱と計算要領に従います。
特に注意したいのがインボイス発行事業者です。基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、インボイス発行事業者の登録を受けた場合は、登録日以後、原則として課税事業者になります。売上高だけを見て免税事業者と判断してはいけません。
対象経費の税区分と仕入税額控除を確認する
補助対象経費のすべてに消費税が含まれているとは限りません。
設備費、消耗品費、業務委託料、人材派遣料などは、原則として課税仕入れになります。一方、給与・賃金は課税仕入れに該当しないため、仕入税額控除の対象になりません。
対象経費が給与などの課税仕入れに該当しない支出や、非課税取引に係る支出のみであれば、補助金に対応する仕入控除税額は通常発生しません。
課税仕入れであっても、次の条件によって控除できる金額が変わります。
- 課税売上げにのみ必要な経費か
- 非課税売上げにのみ必要な経費か
- 課税売上げと非課税売上げに共通する経費か
- 課税売上割合はいくらか
- 適格請求書等の保存要件を満たしているか
- 個別対応方式と一括比例配分方式のどちらを採用しているか
補助金額だけを見て判断せず、対象経費の明細と消費税申告書を対応させる必要があります。
返還額が0円でも報告が必要な場合がある
返還額の有無と報告義務の有無は別に確認します。
交付要綱により仕入控除税額報告が求められている場合は、返還額が0円でも報告が必要になることがあります。
返還額が0円となる例には、次のようなケースがあります。
- 消費税の申告義務がない
- 簡易課税方式で申告している
- 補助対象経費が、給与などの課税仕入れに該当しない支出や、非課税取引に係る支出のみである
- 個別対応方式で、非課税売上げのみに必要な仕入れとしている
- 一定の公益法人等で、特定収入割合による調整を行っている
ただし、これらは公的な報告書や記入例で示されている取扱いの一例です。他の補助金へそのまま当てはめず、該当する制度の様式と記入要領を確認してください。
返還額の計算方法
返還額は、補助金額、対象経費の税率、課税仕入れの割合、課税売上割合、仕入税額控除の計算方式などによって変わります。
すべての補助金を一律に「補助金額×10／110」で計算できるわけではありません。
全額控除できる場合の基本的な計算例
次の条件を仮定します。
- 補助対象設備の税込価格：110万円
- 消費税率：10％
- 補助率：2分の1
- 確定した補助金額：55万円
- 消費税を含めて補助金額が確定している
- 一般課税で対象経費の仕入税額を全額控除している
- 実績報告時に消費税相当額を減額していない
この場合の返還額は、次の計算になります。
55万円×10／110＝5万円
補助対象経費に含まれる消費税等のうち、補助金で賄われた5万円を交付元へ返還する計算です。
一方、申請時または実績報告時に、この5万円を補助金額からすでに減額している場合は、同じ部分を再度返還しないように確認します。
個別対応方式・一括比例配分方式の場合
課税期間中の課税売上高が5億円を超える場合、または課税売上割合が95％未満の場合、課税仕入れに含まれる消費税額の全額を控除できるとは限りません。
一般課税では、個別対応方式または一括比例配分方式により、課税売上げに対応する部分の仕入税額を計算します。
| 方式 | 仕入控除税額の基本的な考え方 |
|---|---|
| 個別対応方式 | 課税売上げにのみ必要な仕入税額＋共通経費の仕入税額×課税売上割合 |
| 一括比例配分方式 | 課税仕入れ等の消費税額×課税売上割合 |
補助金の返還額についても、交付元の計算要領で課税売上割合や対象経費の内訳を反映する場合があります。
例えば、一括比例配分方式に関する公的な計算例では、次のような式が使われています。
個別対応方式や一括比例配分方式では、課税仕入れに使用した補助金額や課税売上割合などをもとに返還額を計算します。ただし、計算方法や端数処理は補助金ごとに異なるため、交付元が用意する計算表と記入要領に従ってください。
ただし、すべての補助金でこの計算式を使用するわけではありません。実際の計算では、対象制度の計算表、対象税率、端数処理のルールに従ってください。
申請から報告・返還までの流れ
補助金の消費税に関する手続きは、確定申告後だけでなく、申請時から始まっています。
1．申請前に公募要領を確認する
消費税が補助対象になるか、課税事業者は税抜金額で申請するか、仕入控除税額報告が必要かを確認します。
2．対象経費を区分して記録する
補助事業と通常の事業経費を区分し、契約書、請求書、領収書、振込記録などを保存します。税率やインボイスの有無も確認できるようにします。
3．実績報告時に消費税の扱いを確認する
仕入控除税額が明らかな場合は、実績報告時に消費税相当額を補助金額から減額する制度があります。減額できない場合は、確定申告後の報告に備えます。
4．消費税の確定申告を行う
補助対象となった課税仕入れを行った日の属する課税期間について、実際に適用する申告方式で消費税の確定申告を行います。
交付元が確認対象となる申告期間を指定している場合は、その案内に従ってください。
5．交付元へ仕入控除税額を報告する
交付要綱で報告が求められている場合は、所定の報告書と添付資料を提出します。返還額が0円の場合も、報告が必要か確認してください。
6．交付元の案内に従って返還する
返還額がある場合は、交付元が報告内容を確認した後、納付書などを送付します。指定された期限と方法で納付します。
報告期限と必要書類
仕入控除税額報告の期限は、全国一律ではありません。
消費税の確定申告後、速やかな報告を求める制度もあれば、交付要綱で具体的な期限を定めている制度もあります。「確定申告後は○か月以内」と一律に判断せず、額の確定通知書や交付元の案内を確認してください。
一般的に必要となる資料には、次のようなものがあります。
- 消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書
- 返還額の積算内訳書
- 消費税確定申告書の写し
- 課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表
- 免税事業者や簡易課税であることを確認できる資料
- 補助対象経費の内訳
- 交付元が指定する計算表
提出先と手元に残す資料
返還条件、報告書、期限、提出先については、補助金を交付した実施機関や担当部署へ確認します。消費税申告や仕入税額控除の計算については、税務署または税理士が確認先です。
問い合わせる際は、次の資料を用意すると状況を説明しやすくなります。
- 公募要領・交付要綱
- 交付決定通知書・額の確定通知書
- 実績報告書
- 消費税確定申告書・付表
- 補助対象経費の一覧
- 対象経費の請求書・領収書
- 交付元から届いた報告書様式
補助金の消費税で起こりやすい間違い
補助金の消費税では、次のような判断ミスが起こりやすいため注意が必要です。
- 「補助金は不課税だから、報告も返還も不要」と判断する
- 返還額0円と報告不要を同じ意味だと考える
- すべての補助金に10／110を掛ける
- 申請時の課税区分だけを確認し、補助対象となった課税仕入れを行った日の属する課税期間の申告方式を確認しない
- インボイス登録後も免税事業者だと思い込む
- 課税仕入れに該当しない支出と非課税取引を混同する
- 税務署へ納める消費税と、交付元へ返す補助金を混同する
- 複数の補助金をまとめて1件の報告書で処理する
まず確認すべきなのは、補助金名、対象年度、交付要綱、消費税を含めて確定した補助金額、実際の消費税申告方式の5点です。
補助金と消費税に関するよくある質問
売上高が1,000万円以下なら消費税分の返還はありませんか？
売上高だけでは判断できません。インボイス発行事業者の登録を受けた場合は、登録日以後、原則として課税事業者になります。補助対象となった課税仕入れを行った日の属する課税期間について、登録状況と申告方式を確認してください。
簡易課税なら返還は不要ですか？
簡易課税について、返還額を0円とする公的な計算要領があります。ただし、すべての補助金に共通する取扱いではありません。対象制度の交付要綱と仕入控除税額報告書の記入要領を確認してください。
返還額が0円でも報告書を提出しますか？
交付要綱で報告を求められている場合は、返還額が0円でも提出が必要です。免税事業者や簡易課税の場合も、該当する理由や確認資料の提出を求められることがあります。
補助金を受け取ったときの消費税区分は何ですか？
一般的な補助金の受給額は、会計ソフト上も消費税の「対象外」として処理するのが基本です。勘定科目は補助金収入や雑収入などが考えられますが、補助金の性質や会計方針に応じて決めます。
どの課税期間の申告方式で判断しますか？
原則として、補助対象となった課税仕入れを行った日の属する課税期間について、実際に適用した消費税の申告方式を確認します。ただし、交付元が確認対象となる申告期間を指定している場合は、その案内に従ってください。
返還の有無はどこに問い合わせればよいですか？
返還条件、報告期限、様式は補助金の交付元へ問い合わせます。仕入税額控除や消費税申告の計算は、税務署または税理士が確認先です。交付要綱、確定通知書、申告書、経費明細を用意すると確認がスムーズです。
まとめ
一般的な補助金の受給額は、消費税の課税対象外です。ただし、補助対象経費の消費税を仕入税額控除した場合は、補助対象経費に含まれる消費税等のうち、補助金で賄われた部分の報告・返還が必要になることがあります。
最初に確認するものは、対象制度の公募要領・交付要綱です。そのうえで、消費税を含めて補助金を受けたか、実際の課税区分と申告方式は何か、対象経費の消費税をどこまで控除したかを確認します。
返還額が0円でも報告が必要な制度があります。計算式や期限を一律に判断せず、交付元の最新の様式と案内に沿って手続きを進めましょう。